罗马帝国灭亡以后，罗马传承下来的古典书籍大部分转移到了东方，比如在拜占庭保留了很多。后来，阿拉伯人翻译了大量的古希腊、罗马医书。到了中世纪晚期，西方人开始将阿拉伯文献中保存的希腊罗马医书再翻译成拉丁文。
在这次翻译活动中贡献最大的人，一个是在萨勒诺(Salerno）医学校和蒙特卡西诺修道院工作过的康斯坦丁(ConstantinusAfricanus,-)一个是出生于克雷蒙那的热拉尔(GerardofCremona,)。前者将阿拉伯文的希波克拉底和盖仑的著作翻译成拉丁文，被誉为“东西方的教师”，后者在当时科尔瓦多的首府特诺多古城翻译了大量的阿拉伯科学文献，其中包括阿维森纳的《医典》。
中世纪晚期欧洲医学的发展受到了阿拉伯医学的影响。从地理上看，当时的医学和学术中心，如意大利南部的萨勒诺医学校和蒙特卡西诺修道院与阿拉伯人统治的西西里相毗连，法国南部的蒙彼利埃(Montpellier）大学则与西班牙相隔不远，中世纪晚期医学的发展与大学医学教育的发展相伴随。
这一时期的大学教育一般分三学科(Trivium)，包括语法(Grammar)、逻辑（Logic)、修辞（Rhetoric)，和四学科(Qva-drivium)，包括算术(Arithmetic)、几何(Geometry)、天文(Astronomy)、音乐(Music)，总共是七门，称为SevenLiberalArts教育，直译是“自由七艺”，有人称之为“博雅”教育，与中国传统的“六艺”教育类似，当然内容不尽相同。
这些学科构成了大学文理学院的基础，欧洲的古老大学基本上是在这个基础上发展起来的。首先接受这些基础教育，然后再进入其他学院，如法学院、神学院、医学院。不过，当时的法学教育与现在的不一样，不是仅仅讲法律，范围更广泛，讲的是人和社会的关系；神学院讲的是人和上帝的关系，医学院讲的是人和自然的关系。古老的欧洲大学的基本构成是文理学院、法学院、神学院、医学院四部分。
随着医学院培养出来的医生数量的增加，医学院的影响也日益增大。于是，医学院与医生行会之间开始争夺医疗主导权，即谁来主导医生的资格认证，这是非常重要的。在此之前，西方从古罗马时期就建有医生行会，医生的培训是师徒制的，没有严格的资格认证，只要声称是学医的，就可以做医生。医学院成立以后，从12世纪开始对医生进行严格的资格认证，只有医学院的毕业生才能获得从业的资格，其他人是不允许从事医生职业的。这对现代医学的发展来讲是非常重要的，可以确保这个行业的规范性、正当性及其社会地位。在西方早期的传统中，也有反对医学建制化的浪潮。
18世纪时。在美国的杰斐逊时代，强调人权、平等，反对医学的职业化，认为掌握了相关的治疗知识就可以成为医生。美国的医学会与此进行了激烈的斗争，来争夺医学的控制权，最后医学会占上风，这样其权威地位才建立起来。在中国，医学的职业化也是很晚的事情，开始执业医师资格考试也就二十年出头在此之前，也是任何人都可以行医的，只要声称自己是医生，就可以给人看病。而且在儒家传统里，是鼓励读书人拥有医学知识的，特别对一个家庭的男性来说，俗话说，“为人子者，不可不学医也”，不懂得一点医学知识，做儿子是不合格的，不能很好地尽孝道。
中国很多著名的医生都是自学成才，无门无派，他们学医的主要原因就是家中父母生病，请来医生看病大多效果不佳，于是发奋学医。这种传统一直在中国保存下来，例如，鲁迅最初就是因父亲由庸医误治不救而赴日学医的。总之，控制医疗权力的斗争在古今中外都一直持续着。
下面是中世纪欧洲大学建立的年表，这些大学大多都设有医学院，一直延续到现在，已有近千年的历史。
中世纪的大学教学很古板，经字经句解释古代经典，不大注重实践，主要是书本知识，偶尔做一点解剖，对于解剖还有严格限制。12世纪时萨勒诺医学院允许进行少量的解剖以供教学多考。14世纪时，为了确定可疑病例的死亡原因，也允许进行尸体解剖。法国蒙彼利埃大学允许每年解剖一具尸体。在西方医学的教学中，尸体解剖是很重要的。在当时，医学院的学生为了学到解剖知识，不得不干一些违法的勾当。例如，一段时间内医学院的学生有一个任务，白天去墓地探视有没有新坟，晚上就带上铁锹去挖坟，偷运尸体。在很极端的情况下，还专门有学校建在坟地附近，挖有秘密通道去偷尸体。这样就导致当地的民众和医学院发生激烈的冲突，民众集合起来冲进医学院，烧毁教学楼、解剖室。直到19世纪，经过了五百多年的时间，人们的观念才慢慢转化过来，后来才立法，允许尸体解剖。
帕多瓦(Padua）大学是继萨勒诺以后一所重要的医学院校，涌现出了一批大家，对文艺复兴时期医学的发展起到了重要的作用。医院(BolognaUniversityHospital）被认为医院，医院和大学联合在一起，为临床教育带来了便利。到18世纪时，这种临床教学的制度才开始建立起来。从中世纪开始，医生对医学知识需求的增加，削弱了神学的干预，促进了医学的世俗化，医学开始逐渐摆脱宗教的束缚。12世纪教会改革运动的结果是教会放弃了一些权力，反对牧师为营利而行医。
下面我们介绍中世纪的一些常用的诊断治疗方法。当时最常用的诊断方法是验尿，这是当时诊断疾病最重要的方法。西方的医学理论是体液论，人体生病是体液平衡被破坏，体液发生了变化。对这种变化最好的观察标准是搜集尿液，闻味、观色，看有没有沉淀物等。当时医生诊室的门口悬挂着尿瓶，表示这家是开业的。也有专门写验尿的书，标明了尿液的各种变化与疾病之间的关系。
放血疗法也是一个很古老的方法。放血方法有几种，一种叫静脉切开术一切开血管不能切动脉，但即便是静脉切开也比较危险，所以这种方法收费很高。接受这种治疗的一般都是贵妇人，她们比较多愁善感，有时有点歇斯底里，给她们放点血，或许是有好处的。另一种是用水蛭，放在需要的部位让水蛭吸血。还有用拔罐的，先在皮肤上划痕道，再用玻璃器口扣上，利用负压吸引出血来。根据古希腊的体液病理学理论，一些疾病是因为血液过多或血液腐败而引起的，放出过多或变质的血液，病就好了。还有所谓多血质的、感情冲动的人，也可通过放血来治疗疾病。不过，放血还是有危险性的。
于是，为了保护医生的名声，或为了探讨怎样放血效果才更好，医生们将星座、黄道、赤道、时间等与放血联系在一起：人体不同的部位由不同的星座控制，某个地方有病，就在某一星座所支配的时间段放血效果最好。中医里面讲的五运六气、子午流注等，其实跟这个是差不多的，都是将治疗与时间结合起来。
实际上，星座、时间与治疗之间并没有直接的因果关系，它只是一种解释策略，不过这种策略对医生还是很有帮助的。因为它提供了一个解释模型，可以为治疗提供辩护。至少在发生问题时，医生可以辩护说责任不在于我，因为我是严格按照这个模型来治疗的，这是一个保护医生的措施。
我们知道医生是一个高风险的职业，随时会遇到病人生命危险的情况，所以医生需要自我保护措施。比如希波克拉底有“希波克拉底誓言”，说明自己该做什么，不该做什么。希波克拉底说我不做膀胱截石术，让给专门做截石术的人去做，当时膀胱截石术是高风险的大手术。他还说了其他一些应该遵循的规矩，这种规矩其实核心是为了保护医生，而不是为了病人。因为医生需要一套保护措施，包括现在外科医生的术前谈话，也是对医生的保护。比如说手术可能会有麻醉意外，发生过敏反应，一下子抢救不过来可能就会死亡。当然还会告诉病人，我还是有把握的，只不过可能发生的危险还是要告知。
中世纪后期，欧洲遭遇了黑死病，就是鼠疫的大流行。迄今，有关黑死病的地理起源和波及范围依然不甚清楚。现存最早的确凿证据显示，黑死病于年起源于里海北部和西部地区。也有历史学家认为这次流行起源于蒙古东部或云南或西藏地区，在这些地区鼠疫表现为一种累及多种野生啮齿动物的动物流行病。从那里沿着蒙古商路向东传播到了中国的中原地区，向南传播到印度，向西则到了钦察汗国、克里米亚和地中海地区。然而，也有学者对这一解释提出了不同看法，认为描述中国年代左右疫病流行的文献还无法确定说的就是鼠疫。
不过，这场流行病传播的轨迹的确是自东向西的，于年冬从克里米亚到君士坦丁堡，之后便沿着两条路线传播：一条穿过地中海东部和中东地区，于年秋到达埃及；另一向西北席卷地中海西部和欧洲大部地区。这场瘟疫流行导致约万人丧命，几乎占了欧洲人口的三分之一。
一些传染病的流行与自然疫源地有密切的关系。例如，非洲的热带雨林地区生活者众多可引起人类疾病的微生物，如埃博拉病毒、艾滋病毒等。除了非洲以外，印度、中国的西南一带，也是一些疾病的自然疫源地，这主要与地理环境有关系。因为这些地区生物品种丰富，病原微生物种类自然也很多。当人们进入这些地区，就有可能感染上疾病。
研究疾病的流行、扩散特征，不应存在道德上的判断。很多流行病的发生，主要是与生态环境有关，而不是道德上原因。不幸的是，在医学史上常有对疾病和病人从道德上来进行判断的，认为这些人之所以生病，是因为生活堕落或有特殊习惯等。在中世纪，疾病流行时往往都要找一个被指责的对象，来发泄人们的恐惧。
在欧洲最常被指责的是犹太人，只要一出瘟疫，就要杀犹太人，赶犹太人，所以犹太人的历史是很悲惨的。因为他们主要是商人，就被指责为既掠夺别人的钱财，又掠夺别人的生命。另外一个就是女巫，欧洲有一段时间对歇斯底里的妇女，特别是中年女性进行迫害，认为疾病的流行是因为女巫做的孽。当时是教会禁欲最严厉的时候，歧视性乱最猖狂。人们的欲望越是被压抑，就越试图得到释放，如常有单身教士与妇女通奸的事发生，教会就认为是女巫勾引教士，对女性进行迫害。
油画《死亡的凯旋》(TriumphofDeath）描绘了鼠疫流行以后，欧洲城市断垣残壁、尸横遍野的惨状。在死亡面前，人们的观念和心态发生了巨大的变化。薄伽丘的《十日谈》描绘了中世纪鼠疫流行时的故事：人们看不到自己的未来、世界的前途，整天饮酒享乐，醉解千愁，把握住暂时的欢乐，来逃避恐惧。不过，在这样的情况下，还是有一些医生尽力去帮助病人。医生穿上特制的隔离服，可避免自己染上疾病。这种装束和现代也差不多，只是面罩做成了啄木鸟头的形状，可能象征着消灭害虫。医生在鸟头的长鼻子里面放了一些香料，可以消毒，以便呼吸干净的空气。
除鼠疫之外，欧洲中世纪还有其他一些疾病的流行。十字军东征后，欧洲出现了麻风病的流行。一时间，麻风病肆虐，单法国就修了两千多所麻风病院以收容患者。当时人们对麻风病很恐惧，因为其症状很严重，如狮面麻风病人的面容如同狮子面部一样，麻风还会造成肢端毁损，严重时引起手指，耳朵、鼻子脱落。当时最极端的做法是将麻风病人烧死，另外一个缓和的做法是将他们赶出城堡，规定麻风病人要穿长衫，手拿招铃或竹板，走路时要敲响，告诉路人自己是麻风病人，请其回避。后来修道院建立了很多麻风病院，收留麻风病人，就比较人道了。到15世纪时，麻风病在欧洲基本绝迹，但另外一种病－结核病出现了。有学者分析，因为结核杆菌和麻风杆菌都属于分枝杆菌，相互之间可能有交叉免疫，结核杆菌的生存能力更强，就抑制住了麻风杆菌。这是一种说法，是否正确还很难说。在几千家麻风病院修起来以后，没有治疗，麻风病就消失了，因此，隔离可能也是一方面的原因。
中世纪的流行病的原因有市镇兴起、商业贸易、战争等。城市是疾病的滋生地，人口集中了，人口密度增加了，使得疾病的传播更加容易。商业贸易和战争使人口流动增加了，自然也利于疾病的传播。流行病促进了公共卫生制度的建立。
如在意大利，政府为了避免疾病的流行，有了政府医生，专门控制疾病的流行。另外还制定了卫生法规，设立隔离病院，建立了海港检疫制度。当时主要的商贸路线是海运，外来船只很容易带来瘟疫，所以要在港口观察，一开始是观察30天，后来觉得太短，又延长10天，变成40天，形成了海港检疫（Quarantine，原意为四十日）制度，一直保持到现在。
再来看一看瘟疫带来的社会影响。即便是现在，人们找不到瘟疫的原因时，总会找一些理由，或找一些替罪羊来宣泄恐惧。人们对死亡的恐惧情绪是很难纾解的，要发泄出来。瘟疫普遍被视为来自外界的非偶然袭击，是某种意味深长的生命事件。在人类的早期岁月里，生活是极不安全的，死亡通常在生命的全盛时期发动袭击，因而拯救生命是最重要的。
在这样的环境中，人们必须思考每种瘟疫背后的警告和含义，它们总会倾向于被解释成带有道德或宗教的信息。13世纪中叶有鞭笞派，自我鞭笞以救赎自己的过错或罪梦，电影《达芬奇密码》中就有这样的场景。人们认为疾病是自己的罪孽导致的，是自己的行为、观念侵犯了神灵，于是成群结队在街上相互或自我鞭打来赎罪。
从一定的意义上讲，欧洲中世纪可以说以瘟疫的流行而开始，又以瘟疫的流行而结束。中世纪末期的瘟疫流行，夺走了欧洲约三分之一人口的性命，导致劳动力奇缺，土地没人耕种，人口流动性增大，冲击了封建制度。因此可以说，在人类历史上，疾病对于社会的影响和改变比某些政治力量还要大。
参考教材《医学史十五讲》(第二版）-张大庆著